Ο απήγανος είναι ένα από τα σημαντικότερα βότανα της φαρμακευτικής. Το άρωμά του είναι πολύ έντονο και σε κάποιους μάλιστα άσχημο. Θεωρείται ότι απωθεί γάτες και σκυλιά αλλά και πολλοί το τοποθετούν έξω από την πόρτα τους για να μην μπαίνει στο σπίτι τους η γρουσουζιά, η αρνητική ενέργεια. Ο απήγανος είναι φυτό του οποίου η χρήση πρέπει να γίνεται πολύ μετρημένα, καθώς το αιθέριο έλαιο του προκαλεί τοπικούς ερεθισμούς και φλύκταινες, ιδιαίτερα όταν είναι χλωρό. Με την ιδιότητα του εξάλλου να διεγείρει τη συσταλτικότητα της μήτρας και να προκαλεί έτσι την αιμορραγία της, γίνεται δυνατό «αμβλωτικό». Οι αρχαίοι χρησιμοποιούσαν τον απήγανο με πολλή προσοχή, κατά των νευρικών παθήσεων, της υστερίας, της επιληψίας, της χορείας κι ακόμα ως διουρητικό και ως εμμηναγωγό. Στην ομοιοπαθητική, χρησιμοποιούν το αιθέριο έλαιο που εξάγεται από το χλωρό φυτό για το δυνάμωμα των ματιών, καθώς και εναντίον των ρευματισμών, των νευραλγιών και των εμμηνορραγιών. Έχει επίσης ανθελμινθικές ιδιότητες και καταπολεμά τις αμοιβάδες.